ขั้นตอนการดำเนินงานศึกษาโครงการประกอบไปด้วย 5 ส่วนหลัก (ดังแสดงในรูป)ในขั้นตอนแรกจะดำเนินงานส่วนที่ 1 ศึกษาวิเคราะห์ปัญหาด้านการเดินทางทางน้ำในเขตกรุงเทพมหานครและปริมณฑล ร่วมกับงานส่วนที่ 2 ศึกษาทบทวนและวิเคราะห์สถานภาพการเดินทางทางน้ำของประเทศไทย และในประเทศที่มีแนวทางปฏิบัติที่ดี (Best Practice)ซึ่งจะทำให้ทราบถึงแนวทางการนำองค์ความรู้มาประยุกต์ใช้ในการดำเนินงาน ส่วนที่ 3 จัดทำแผนพัฒนาการเดินทางทางน้ำในเขตกรุงเทพมหานครและปริมณฑล และงานส่วนที่ 4 ออกแบบเบื้องต้นการพัฒนาคลองขุดมหาสวัสดิ์ที่สอดคล้องกับการพัฒนาเมืองและการพัฒนาพื้นที่สองฝั่งคลอง นอกจากนี้ในระหว่างดำเนินการงานโครงการจะจัดให้มีการสัมมนาและการประชาสัมพันธ์โครงการและส่วนที่ 5 ดำเนินงานศึกษาสนับสนุนทางวิชาการ (Technical Paper) อย่างน้อย 5 หัวเรื่อง