ขั้นตอนการดำเนินงานศึกษาโครงการประกอบไปด้วย 5 ส่วนหลัก (ดังแสดงในรูป)

ในขั้นตอนแรกจะดำเนินงานส่วนที่ 1 ศึกษาวิเคราะห์ปัญหาด้านการเดินทางทางน้ำในเขตกรุงเทพมหานครและปริมณฑล ร่วมกับ

งานส่วนที่ 2 ศึกษาทบทวนและวิเคราะห์สถานภาพการเดินทางทางน้ำของประเทศไทย และในประเทศที่มีแนวทางปฏิบัติที่ดี (Best Practice)

ซึ่งจะทำให้ทราบถึงแนวทางการนำองค์ความรู้มาประยุกต์ใช้ในการดำเนินงาน ส่วนที่ 3 จัดทำแผนพัฒนาการเดินทางทางน้ำใน

เขตกรุงเทพมหานครและปริมณฑล และงานส่วนที่ 4 ออกแบบเบื้องต้นการพัฒนาคลองขุดมหาสวัสดิ์ที่สอดคล้องกับการพัฒนาเมือง

และการพัฒนาพื้นที่สองฝั่งคลอง นอกจากนี้ในระหว่างดำเนินการงานโครงการจะจัดให้มีการสัมมนาและการประชาสัมพันธ์โครงการ

และส่วนที่ 5 ดำเนินงานศึกษาสนับสนุนทางวิชาการ (Technical Paper) อย่างน้อย 5 หัวเรื่อง